アイテムと交換していないのにエアクレストが減っています。

アベルに話しかけることで手持ちのエアクレストが自動的に渡されます。
渡したエアクレストはアイテムを交換するまでなくなりません。
よくあるご質問フライハイトフロンティアヘルプ